一、哲学纲领：寒热对立统一的辩证观
与藏医药的“佛医交融”不同，蒙医药的哲学基础更侧重于朴素的辩证唯物主义，以“寒热”为总纲来辨析人体、疾病与药物的根本属性，形成了独特的诊疗逻辑。
二、理论核心：三根七素的动态平衡
1.三根：“赫依”（气，主导生命活动）、“希拉”（火，主导热能消化）、“巴达干”（土水，主导滋养稳固）是维持人体生理功能的三大基本要素。
2.七素：构成人体的七种基本物质（饮食精微、血、肉、脂、骨、髓、精液）。
3.健康是三根七素的动态平衡，疾病是其失调。
三、诊疗技术：适应游牧生活的独特技艺
1.诊断：注重问诊、尿诊（尤重观察冷却过程）和触诊（特别是对骨折的触摸诊断）。
2.疗法：以震脑术、正骨术为代表的整骨疗法闻名遐迩，极具特色；另有放血、灸疗、皮疗、酸马奶疗法等，充分体现了对游牧生产生活中常见损伤与疾病的应对智慧。
四、药物资源：善用草原与矿物的用药体系
蒙药多取材于蒙古高原特有的植物（如沙棘、蒙古栎）、动物及矿物，药力猛、起效快，并有独特的“淖尔”（矿物药炮制法）等加工工艺。
五、传承模式：从寺院到现代的双轨延续
与藏医药类似，其知识传统上在寺庙（如内蒙古的喇嘛医）中传承，并拥有《四部甘露》、《饮膳正要》等经典著作。现今，已建立起完善的高等教育（如内蒙古民族大学蒙医学院）与医疗科研体系，实现了活态传承与现代化发展。